Flora
Die Laubwälder bestehen meist aus Rotbuchen, daneben sind die heute selten gewordenen Auwälder im Bereich der Flüsse und Seen und Eichen-Buchen-Mischwälder typisch; die Alpen und Mittelgebirge sind geprägt durch Schluchtwald. Der Pionierwald wird, besonders auf sandigen Flächen, vor allem von Birken und Kiefern gebildet. Allerdings werden die früher sehr verbreiteten Laubwälder mittlerweile oft durch Fichtenholzforste ersetzt.
Derzeit sind 29,5 Prozent der Staatsfläche bewaldet. Damit ist Deutschland eines der waldreichsten Länder in der Europäischen Union, wobei die Baumarten im Wesentlichen durch die angestrebte Nutzung bedingt sind, das heißt der Anteil an Fichten- und Kiefernwäldern entspricht nicht den natürlichen Gegebenheiten, nach denen Buchenmischwälder vorherrschen sollten. Neben den natürlich vorkommenden Pflanzen spielen heute eine Reihe von eingeführten Arten wie die Robinie eine zunehmende Rolle in der Vegetation. Der größte Anteil des unbebauten Landes dient der Erzeugung von Nutzpflanzen. Dies sind überwiegend Getreide (Gerste, Hafer, Roggen und Weizen), die Kartoffel und der Mais, die aus Amerika eingeführt wurden, der Apfelbaum, sowie zunehmend Raps. In den Flusstälern, unter anderem von Mosel, Ahr und Rhein wurde die Landschaft für den Weinanbau umgestaltet.
Fauna
In hochalpinen Regionen leben Gämse, Steinbock und Murmeltier.
Zu den bekanntesten in Deutschland lebenden Reptilien zählen Ringelnatter, Kreuzotter und europäische Sumpfschildkröte. Daneben leben noch viele Amphibien wie Salamander, Frösche, Kröten, Unken und Molche in Deutschland, welche jedoch alle auf der Roten Liste bedrohter Tierarten aufgeführt werden.
Von dem Seeadler, mitunter vereinzelt als Vorlage für den stilisierten deutschen Wappenvogel gesehen, gibt es derzeit wieder etwa 500 Paare, vor allem in Mecklenburg-Vorpommern und Brandenburg. Der Steinadler kommt nur noch in den Bayerischen Alpen vor, der ehemals dort heimische Bartgeier wurde ausgerottet, hält aber durch Wiedereinbürgerungen in Schweiz und Österreich auch wieder Einzug in die Deutschen Alpen. Die häufigsten Greifvögel in Deutschland sind derzeit Mäusebussard und Turmfalke, dagegen ist der Bestand an Wanderfalken deutlich geringer. Über 50 Prozent des Gesamtbestandes an Rotmilanen brütet in Deutschland, der Bestand ist aber auf Grund der intensiven Landwirtschaft rückläufig.
Der früher in den Flüssen häufig vorkommende Lachs wurde im Zuge der Industrialisierung im 19. Jahrhundert weitgehend ausgerottet, konnte aber in den 1980er-Jahren im Rhein wieder angesiedelt werden. Der letzte Stör wurde 1969 in Deutschland gefangen. In vielen Teichen werden die erst von den Römern eingeführten Karpfen gehalten.
Der an der Nord- und Ostseeküste lebende Seehund wurde zeitweise nahezu ausgerottet, mittlerweile gibt es im Wattenmeer wieder einige tausend Exemplare. Auch die sich wieder ausbreitenden Kegelrobbenbestände in Nordeuropa kehren wieder an die Küsten Deutschlands zurück, nachdem sie dort durch Bejagung vollständig verschwunden waren. Das Wattenmeer ist insbesondere als Rastplatz für zehn bis zwölf Millionen Zugvögel pro Jahr von Bedeutung. Die bekannteste Walart von Nord- und Ostsee ist der Schweinswal, jedoch leben dort noch weitere sieben Walarten, unter anderem Pottwal und Schwertwal, daneben auch eine Delfinart.
Zu den lange heimischen Tieren hat sich eine beachtliche Anzahl an Neozoen angesiedelt. Zu den bekanntesten Vertretern gehören Waschbär, Marderhund, Halsbandsittich und Nilgans. Weitere teils invasive Neozoen in Deutschland sind Kanadagans, Nandus, Amerikanischer Flusskrebs, Amerikanischer Ochsenfrosch, Europäisches Mufflon, Sonnenbarsche u. v. m.
Siehe auch: Liste der Neozoen in Deutschland
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